Alumno de Rafael del Águila, se inició en el marco de la Cátedra de Flamencología de su tierra natal, donde tuvo oportunidad de foguearse acompañando a destacados cantaores entre 1975 y 1982 -Tío Borrico, Manuel Mairena, José el de la Tomasa, Terremoto de Jerez, La Paquera, etc.

Empezó a colaborar conel también tocaor Paco Cepero, emprendiendo una gira por Japón. Después ingresó como guitarrista-concertista en la compañía de Mario Maya, trabajando en el espectáculo ¡Ay jondo!. Finalmente se independizó, formando pareja artística con su compañera, la destacada bailaora Carmen Cortés. Para ella escribió la música de A contraluz, Memoria del cobre, Cantes de ida y vuelta, Los Gabrieles…, y la adaptación para cuatro guitarras de El amor brujo, de Manuel de Falla. Instalado en Madrid se aventuró en los años 80 dentro del mundillo jazzístico.

Colaboró con Dave Thomas, José Antonio Galicia, Tomás San Miguel y Paquito D'Rivera, con los que amplió su formación musical. En 1988, grabó su primer disco, El gallo azul, que obtuvo las mejores críticas que un álbum de presentación pueda recibir. Con el segundo álbum, Flamencos en Nueva York (1989), Gerardo ratificó su calidad como compositor y volvió a mostrar esas prodigiosas dotes de intérprete que le han dado fama. En 1992, Gerardo Nuñez fundó un Seminario de Guitarra Flamenca de Jerez, que unos años después se trasladaría a la cercana población de Sanlúcar de Barrameda (Cádiz), donde contó con la colaboración del conservatorio local. Su guitarra suena al lado de estrellas como Plácido Domingo, Teresa Berganza, Joaquín Sabina, Ana Belén, Víctor Manuel, Antonio Carbonell, Isabel Pantoja, Rocío Jurado, Los Chichos, Rosario, Azúcar Moreno, Andreas Wollenweider, Mecano, etc.

También ha recopilado y grabado una selección de los conciertos para guitarra y orquesta de David Beigbeder, padre de Manuel Alejandro. Gerardo ha creado su propio sello discográfico, El Gallo Azul, en el que ha editado su magnifico álbum, Juncal. En 1998, grabó en EEUU el disco Calima, en el que intervienen Danilo Pérez, John Patitucci y Arto Tuncboyacian. También estrenó la Sinfonía para un nuevo teatro, con motivo de la apertura del teatro principal de Barcelona, que interpretó la Orquesta Ciudad Condal y retomada por la Orquesta de Córdoba en el Colegio de Ingenieros de Sevilla. Tras una gira por Europa, EEUU y Brasil, formó un cuarteto junto a Eberhard Weber, Richard Galliano y Erico Raba.
Completando el año 98, Gerardo se integró en el cuarteto de guitarras Internacional Guitar Night, formado en San Francisco, California, con Alex Gras, Paolo Bellinati y Briam Gare, con el que recorrieron las principales ciudades de EEUU. Tuvo tiempo Gerardo de comenzar en Nueva York la grabación de un nuevo disco y de hacerse cargo de la dirección musical del espectáculo Así pasen 100 años, de la Compañía de Danza Flamenca de Carmen Cortés, que en noviembre de 1999 se estrenó en Valladolid.